必赢贵宾会3003送33|首頁welcome!

京芯一号育种芯片

鸡50K SNP 分型芯片(京芯一号)由中国农业科学院北京畜牧兽医研究所与北京康普森生物技术有限公司联合研制开发是一款中高通量 SNP 分型芯片。利用 illumina 平台定制,包含中外多个代表性鸡种的特征性SNP,同时引用商业化芯片位点18K,共计44,561 个位点。

  • undefined

    芯片数据来源

    重测序数据,对中外9 个鸡种进行基因组重测序,获得丰富的变异;

    性状相关SNP 数据,利用已有GWAS 等关联分析研究结果,筛选饲料报酬、生长、肉质、胴体、抗病、繁殖等性状的SNP 位点;

    组学筛选获得的差异表达功能基因,整合转录组测序、差异蛋白、互作蛋白筛选等研究,对主要功能基因及变异位点进行了筛选;

    优选Affymetrix 600K 商业化芯片中的18K 位点,位点自主研发和已有信息有机结合。

  • undefined

    芯片位点设计

    优化设计:全基因组平均分布;

    通用性:加入地方鸡种特征性SNP; 引用商业化芯片18K 位点, 确保互相Imputation;

    有效性:20K 位点在有色羽和白羽等19个中外鸡种基因组中均匀分布;

    功能相关性:14K 位点由GWAS 等研究鉴定获得与饲料报酬、肉品质、一般免疫、繁殖等经济性状相关;

    通量适中:在全基因组选择育种实践中应用性价比高。

芯片位点分布

undefined

Application scenario

芯片应用场景    

  • 保种育种应用 /Conservation breeding applications                    
                       
    基因组选择
    种质资源鉴定
    亲缘关系鉴定
  • 基础科研 /Basic research                    
                       
    全基因组关联分析(GWAS 分析)
    全基因组连锁分析(QTL 分析)
    精细定位
    群体遗传学分析(进化、驯养、遗传多样性)